第1集：笔芯锁定明川为干尸凶手 明川还原冯媛死亡真相
深夜一名醉酒男子独自一人在路边呕吐，毫无防备之心地接过一位黑衣人递来的手帕，即时晕倒。醒来时却被黑衣人锁在封闭的房间之中，不知生死。第二日，光明市大量特警集结孤岛，据当地老乡报案得知孤岛上有一具极其脱水的干尸，案子悬而未决光明市公安局长陈怀远不得不向上级担保三个月之内破案。根据目击证人描述以及光明市公安刑侦警察罗笔芯比对，与鹏海市法医鉴定中心主任，三十五岁同样是警察的明川相似度最高，此人业务能力很强经手的案件全部侦破。上级已经安排人员对其进行心理评估，且鹏海市刑警队副队长丁春秋和明川助手黄小蓉及其他同事都做出了其不在场的证明，一切貌似都与明川无关。
陈怀远破案决心已定，将罗笔芯调往鹏海市任刑警队长近身侦查明川。罗笔芯刚到任就遇上案子，与丁春秋简短打过招呼后，得知现在溺水的是新人罗小白，害怕尸体想帮忙却又被尸体绊住晕倒，而此人恰好就是上级指派给罗笔芯的助手。另一边明川却与老友郎世明去到拍卖行，拍品是一具古墓佛像，明川根据法医鉴定经验怀疑是从古墓中盗出，于是立即电话通知丁春秋带人去现场实施抓捕。
现场抓捕过程中，明川与罗笔芯第一次见面就不打不相识，双方互相评估对方面相，初步鉴定没啥好感。盗墓案抓捕结束，明川立刻被带往一处妻子意外死亡，丈夫和婆婆不让尸检的人家，死者冯媛的丈夫正在和黄小蓉扯皮当中，好在经明川承诺不动冯媛尸体他们又允许警察进入屋内侦查。明川只认真观察尸体又望向死者遗像默不作声，罗笔芯第一次看见明川侦查方式表示好奇，原来这只是明川惯用的手法，他是法医天才。
除了观察尸体，明川进入死者房中仔细看过，又注意到楼梯旁插座灼烧痕迹，询问死者丈夫两人结婚时间，又得知冯媛无法生育，仔细观察得知冯媛平时很注意保养且服用大量营养药品，其中就有避孕药。这些都还不能证明什么，就当明川提及主卧浴缸中有与冯媛颜色不同的头发时，死者丈夫张国军按捺不住自我推理辩解出一大段故事。
明川推翻张国军推理，把自己观察到的可能的事实串成故事讲出，冯媛瓶中的药是张国军偷换的，而冯媛早已经发现维生素被换成避孕药，冯媛偷偷在持续服用保胎药，因此可知冯媛已经怀孕。综上所述，两人关系并不那么融洽，于是乎就有可能证明张国军与冯媛在日常争吵过程中将其推搡下楼梯。即使这一切都只是猜测，但是冯媛耳后有轻微皮肤金属化，而这是皮肤与电极接触产生的。张国军慌神回想起自己与冯媛争吵将其推下楼梯时的样子，当时冯媛并没有完全死亡，张国军愚蠢到拿家用吹飞机做成电击去激活冯媛，但就在他犹豫不肯叫救护车的过程中冯媛彻底失去生命。
明川顺利推理出一切让张国军在愧疚之中不得不认罪伏法，他根本不在乎冯媛却又在被带走时问冯媛是否怀孕，何其讽刺。罗笔芯看不透明川为人，问他张国军到底是因为冯媛能生而杀还是因为不能生，明川回答模糊只提到信仰问题讳莫如深。等回到警队，明川还特意劝解罗笔芯要吃中药缓解自身暴躁易怒的症状。罗笔芯看着明川想起师父陈怀远交给自己的艰巨任务，怀疑自己人更加要小心谨慎。
第2集：淡水海尸案疑点重重 明川笔芯联手破案
江中发现不明女尸，名叫覃红，不是当地人且有一幼子，死者住所离尸体发现地点较远不可能自行前去再被害，最奇怪的是尸检发现她体内竟然充满海水，但海边和抛尸的江边相距很远，凶手不会也没有时间从海水中淹死她再抛尸江中。大家都有些质疑尸检结果，只有罗笔芯与明川不约而同想到了覃红可能是死于海水渔场。明川率先出发去到海鲜市场，随便试探店家又购买了一只装满海水的澳龙回到局里。
黄小蓉吃醋以为明川为欢迎罗笔芯特意买的大龙虾，明川没那方向的心思只是为了破案，要求黄小蓉比对龙虾海水和死者肺部海水。罗笔芯到钟局处报道，顺便与钟局提及关于明川的事情，罗笔芯坚持认为办案期间不该寻不到人影，言辞当中透露着死板和严谨让钟局哭笑不得。罗笔芯同样去到海鲜市场向老板买海水，哪知刚回到局里不光被邀请参加迎新会还被告知案子破了。
为欢迎罗笔芯而聚餐，罗笔芯看到了一个热爱生活、精通厨艺的明川。大家伙吃完就开溜，只剩下明川收拾残局。罗笔芯好奇案情进展，明川只是将法医能做的都完成了，第二日会将法医鉴定报告送给罗笔芯。罗笔芯话里话外都在打探明川的心理状况，而且大胆向其提出干尸案，明川似乎不想回答借口回避，罗笔芯没有放松对明川的怀疑开始跟踪其行迹。罗笔芯对明川的总结为长期独居、与尸体对话，为人十分神秘且可能有心理疾病。
通过海水比对，明川找出三家渔场，丁春秋对渔场老板一一审问但三家都没有发现可疑之处。丁春秋玩笑捉弄明川，明川就是不上当要拿着法医报告给罗笔芯去破案，丁春秋拿他没办法只好伏低认错。明川找到其中一家渔场进行调查，渔场老板言辞神情闪烁，明川好奇大渔场的换水情况，通过询问得知老板撒谎起了疑心，在渔场中观察得知发现渔场老板马超似乎有所隐瞒，鱼池中的一个名贵发卡让案件取得突破。
比对马超渔场购买进口海盐和换水时间得知，三家渔场中只有马超的渔场在覃红死亡当天换过人工海水，而人工海水刚更换的时候水是浑浊的，死者肺部的积液恰恰就是浑浊的，面对证据马超承认覃红当晚在鱼池中被淹死，她害怕死者家属找上门，他就抛尸而已。但是尸检却表明覃红身体有多处挫伤，在落水前可能受到侵害。水中找出的名贵发卡让明川推测是否覃红为捞发卡而无意落入水中，猜想还未得到证实，这时覃红的儿子小覃来找妈妈，孩子多日未见到妈妈只好来寻警察。刑警队看他可怜只得暂时照顾。
对马超的审讯没有任何进展，急等尸检报告的罗笔芯却发现明川不知去向，罗笔芯最终在台球厅找到他。罗笔芯催问报告，明川只回复没到时间，于是罗笔芯被拖着跟明川一起在台球厅、酒吧等地畅玩通宵，这一通玩乐倒让罗笔芯对明川有了一番新认识。接着回到法医中心对覃红进行开颅检验，明川想知道在覃红死之前到底在想什么，开颅检发现覃红是过度疲劳导致的蛛网膜下腔出血。覃红在两人玩过的地方都工作过，而且在天亮前就要去马超的渔场，之所以不在刚发现尸体时就进行开颅是因为尸体也有尊严也是个爱漂亮的女人，没有切确的证据是不会随便破坏她。覃红忍受各种侮辱减掉自己的头发就是为了能养活自己和孩子。
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